Pan-Eurooppa Instituutti (PEI) tarkastelee Euroopan talouden ja liiketoiminnan kehitystä koko mantereen laajuudessa. Se keskittyy muutosten seurantaan Itämeren talousalueella ja EU:n itäisissä rajanaapureissa, erityisesti Venäjällä, Valko-Venäjällä ja Ukrainassa. PEI toteuttaa tutkimushankkeita sekä antaa keskeisiin tutkimusalueisiinsa pohjautuvaa opetusta Turun kauppakorkeakoulussa. Yksikkö toteuttaa hankkeita, joiden rahoittajina ovat muun muassa kansainväliset organisaatiot, Suomen ministeriöt, Suomen Akatemia ja itämarkkinoista kiinnostuneet suuret yritykset.